Asuka Langley Soryu
Asuka Langley Soryu es la Second Children elegida por el Instituto Marduk, designada como piloto del Evangelion Unidad 02. Destacan de su aspecto su pelo rojo llameante, que recoge con sus Clips A10, y sus ojos azules, posiblemente provenientes de su herencia genética alemana. Su mejor amiga es su compañera y representante de clase, Hikari Horaki.
Rei Ayanami
Rei Ayanami es la First Children elegida por el Instituto Marduk, designada como piloto del Evangelion Unidad 00. Al inicio de la serie, Rei Ayanami es presentada como una joven enigmática de carácter introvertido, silenciosa y nada comunicativa, que a pesar de confiar en las personas adultas, sólo manifiesta emociones y lealtad sincera hacia Gendo Ikari, con quien también mantiene una relación distante.
Shinji Ikari
Shinji Ikari es el Third Children, el protagonista principal de la serie y piloto designado del Evangelion Unidad 01. Shinji es hijo de la bioingeniera Yui Ikari y del jefe de la organización NERV, Gendo Ikari. Tras el fallecimiento de su madre, su padre lo abandonó, y vivió durante 11 años con su sensei. Sin embargo, su vida dio un giro inesperado cuando fue convocado a Tokio-3 para pilotar la Unidad-01 y enfrentar a los Ángeles.
Kaworu Nagisa
Kaworu Nagisa es el Fifth Children enviado a NERV por SEELE como piloto de reemplazo del Evangelion Unidad 02. Es un chico de 15 años aproximadamente, de cabello albino y ojos rojos. Además de ser el Fifth Children, Kaworu resulta ser Tabris, el decimoséptimo ángel. Posteriormente, aparece en la película The End of Evangelion y en el manga de Evangelion hecho por Yoshiyuki Sadamoto.
Misato Katsuragi
Misato Katsuragi es la hija del Dr. Katsuragi, y fue la única sobreviviente del Segundo Impacto. Ella lidera las operaciones tácticas en NERV, coordinando las Unidades Evangelion en combate contra los Ángeles. Inicialmente es capitán, pero luego asciende a mayor.
Gendo Ikari
Gendo ocupa el cargo de Comandante de la organización NERV, donde ha sido el principal impulsor de su creación. Además, es el padre de Shinji Ikari, piloto del Evangelion Unidad 01. Se le identifica por su carácter frío y su distintivo gesto de unir las manos, siempre cubiertas con guantes blancos, frente a su rostro.